La estructura comercial que sustenta la economía de San Luis Río Colorado está focalizada en las micro empresas que cubren el 90% de las unidades de negocio que funcionan en la localidad; en tanto el 0.2% son consideradas como grandes empresas.
En estadísticas del Instituto Mexicano del Seguro Social, en esta frontera se encuentran 2 mil 335 registros patronales, de los cuales el 90% responden a las llamadas mipymes.
Por giro de actividad económica, 50.6% de las unidades de negocio corresponden al sector servicios, 40.8% se segmentan en el rubro de comercio, ya sea de mayoreo o menudeo, mientras que 8.3% son establecimientos manufactureros.
Por tamaño comercial, 92.9% de las unidades económicas en San Luis Río Colorado pertenecen a las Micro, que tienen de 0 a 10 empleados; 6.1% son consideradas pequeñas que tienen de 11 a 50 contrataciones laborales; 0.8% tienen un tamaño mediano con una plantilla de empleados de 51 a 250; y finalmente o.2% son considerada como grandes empresas, con una nomina de mas de 250 empleados.
En la búsqueda de apoyos para mantener y vigorizar su presencia en el mercado fronterizo, microempresas se han refugiado en la Cámara de Comercio que es la única organización local que se mantiene activa.
"Nosotros como cámara representamos a todo lo que es el sector comercio y a todo el comercio organizado de San Luis Río Colorado, el aporte cambia mucho en función de las necesidades que hay tanto de los comerciantes como de la ciudad en el momento"
Por sectores el total de personal ocupado se concentra en la manufactura que tiene 31.1% de las contrataciones; seguido por los establecimientos de servicios con 31% y el segmento de comercios con 28.5%.