El paso del ferrocarril afecta a distintas ciudades en México, principalmente por problemas de congestión de tráfico al transitar por la zona urbana, interrumpiendo frecuentemente la circulación y en ocasiones provocando accidentes automovilísticos, además del ruido que genera y molesta a los habitantes aledaños a las vías del tren.
En el país existen 26 mil 727 kilómetros de vías férreas que comunican a un gran número de localidades, teniendo mayor presencia empresas como Ferromex/Ferrosur, Ferrovalle y KCSM. Entre las ciudades más afectadas por el paso de este transporte se encuentra la Ciudad de México, Monterrey, Puebla y Veracruz, pues al tener por sí mismas problemas de tráfico debido a su gran cantidad de habitantes, el tránsito ferrovial los vuelve aún más complicados.
Sin embargo, este problema se puede reducir con una buena planificación urbana e infraestructura ferroviaria, como la construcción de puentes o pasos a nivel elevados o subterráneos, coordinar los horarios de los trenes para evitar las horas pico, crear vías que no atraviesen áreas urbanas o que pasen por zonas menos densamente pobladas, e incluso tecnología ferroviaria avanzada como la señalización y gestión del tráfico ferroviario. Algunas ciudades ya han adoptando algunas de estas medidas para minimizar el impacto del ferrocarril y la interrupción del tráfico local, como lo son Aguascalientes, Laredo, Saltillo y Hermosillo.
De igual manera Salamanca es un municipio que vive en armonía con el paso del tren, ya que contamos con 4 pasos a desnivel en la zona urbana, haciendo que las afectaciones del ferrocarril sean menores, además se esperan proyectos que solucionen el problema de tránsito en los demás cruces ferroviales, ofreciendo a los automovilistas más alternativas para cruzarlos, permitiendo así un mejor flujo del transporte.