Con más de 18 años de estar activo el único basurero Municipal, propiedad de un particular, y el cual es administrado por los comuneros del barrio de Santa Cruz Tagolaba, es desde luego uno de los principales generadores de contaminantes que está ocasionando daños de gravedad al medio ambiente y a la población de Santo Domingo Tehuantepec y Municipios aledaños.
Ante la falta de proyectos de las autoridades que durante casi 2 décadas han gobernado Tehuantepec y pese a los recursos millonarios que podrían sumarse, durante todo este tiempo para tener un relleno sanitario, diariamente este confinamiento recibe toda clase de desechos nada se recicla, son en su mayoría quemados a cielo abierto, podemos encontrar desde botellas flamables, sustancias tóxicas, desechos de equipo médico y cualquier tipo de basura lo que está provocando graves niveles de contaminación al suelo, aire y mantos freáticos, tan solo el Ayuntamiento Municipal deposita en este lugar 40 toneladas diarias de residuos de todo tipo proveniente de los más 57 mil habitantes distribuidos en colonias, barrios y agencias.
a esto se suman materiales que arrojan varias empresas y dependencias como Petróleos Mexicanos, Grupo Modelo, Coca Cola entre otras establecidas en esta población, en este espacio que se denomina irregular por no tener documentación y estar a cielo abierto la autoridad municipal no ha hecho mucho por ponerlo en regla, solo se sabe que cada 15 días se realiza una limpieza de las 4 hectáreas con la que cuenta dicho terreno, diariamente hay quemas de cerros de basura, otro de los problemas que no solo dañan al medio ambiente, si no a la población que constantemente se queja del aumento de diversas enfermedades. sin embargo, otro de los puntos de concentración son los llamados basureros clandestinos, que de clandestinos no tienen nada porque para toda la población y las autoridades están perfectamente ubicados en diferentes puntos de esta localidad.