Después de que se privatizado Ferrocarriles Nacional en 1998, la empresa Ferrocarriles del Istmo de Tehuantepec, inició operaciones en el año 2000 en la vía general de comunicación ferroviaria de Medias Aguas, Veracruz a Salina Cruz, Oaxaca.
El 15 de julio del año 2019, los integrantes del Frente de Ferrocarrileros "Demetrio Vallejo" y la Coordinadora Estatal Campesina Obrera Magisterial Indígena, bloquearon por primera vez en la historia de la región del istmo de Tehuantepec, las vías del Ferrocarril en Matías Romero Avendaño, Oaxaca.
Los manifestantes exigían ser tomados en cuenta en los trabajos del Corredor Interoceánico que unirá a Salina Cruz, Oaxaca, con Coatzacoalcos, Veracruz, a través del tren transístmico.
También se han manifestado con bloqueo en las vías férreas los integrantes de la Unión de Comunidades Indígenas de la Zona Norte del Istmo (UCIZONI), quienes han se pronunciaron por las irregularidades en el proceso de rehabilitación de las líneas, y además no se ha hecho una consulta previa e informada a las comunidades que se verán afectadas por estas obras.
Otros de los grupos que se han manifestado con el bloqueo a las vías son los sindicatos de transportistas, quienes bloquearon las vías en Ciudad Ixtepec, para exigir que se les contratara en el acarreo de material pétreo y se ajustaran las tarifas para los acarreos.
Estas acciones de protesta han provocado pérdidas económicas a la para-estatal PEMEX y La Cementara Cruz Azul, ya que se suspendió la transportación de sus productos durante los 17 días que se bloquearon las vías, pérdidas que no fueron recuperadas por ninguna instancia gubernamental.
Aunado a esto en el primer trimestre del año 2020, la Auditoría Superior Federal reportó pérdidas por mas de 810 millones de pesos, que debían ser aplicados para la rehabilitación de las vías ferroviarias, por parte la empresa estatal Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec. Se revisaron 10 contratos de adquisición, 2 de arrendamiento, 1 de servicios, y 6 de obra pública, la auditoria señala que la empresa incumplió con la meta original, por la que se emitió dos recomendaciones y tres responsabilidades administrativas en contra de la empresa.