Para algunos activistas, opositores a los megaproyectos, el Corredor Interoceánico del Istmo de Tehuantepec, dañará la biodiversidad en las comunidades indígenas, debido al impacto negativo que tendrá de manera directa e indirecta.
Esta región posee 10 ecosistemas naturales diferentes, que a la fecha albergan a más del 10% de la biodiversidad del planeta entero, siendo poseedora además de los más importantes macizos boscosos compactos.
Miguel Ángel García Aguirre, integrante del Comité para la Defensa de Los Chimalapas, advirtió que si se lleva a cabo el dragadado de las Costas de Salina Cruz, como se pretende hacer, el impacto a las comunidades huaves dedicadas a la pesca, se verían una grabe crisis, ya que el nivel del estos sistemas serán afectados.
Destacó que esta zona produce el 40% de captación de agua de lluvia de todo el país, que alimenta los arroyos y ríos. Regula el clima, produce oxígeno, y que actualmente están en peligro, debido al impacto directo que se comienza a visualizar en la modernización de los 304 kilómetros de vías, además de la construcción de nuevas carreteras, el rompeolas, los parques industriales otros proyectos complementarios, que modificarán el entorno biológico.