Con la reanudación del servicio del tren pasajero en el Istmo de Tehuantepec, surgen algunas inquietudes respecto a los costos, y si es o no suficiente el número de vagones con los que cuenta el Tren Interoceánico que recorre desde Salina Cruz, Oaxaca, hasta Coatzacoalcos, Veracruz.
El tren cuenta con tres servicios, Clase Ejecutiva que tiene un costo de 608 pesos de Salina Cruz a Coatzacoalcos, La Clase Turista de 458 pesos en este mismo tramo, y la clase Gerencial, con un costo de mil 554 pesos, con salidas diarias a partir de las 07:00 horas en las terminales asignadas.
Actualmente desde la página oficial para la adquisición de boletos únicamente se tiene habilitado el mes de enero del 2024, incluso hasta el día 10 de este mes, quedan disponible boletos para los días 10, 12 y 14.
En el servicio de clase turista, se cuentan 3 vagones con 64 asientos disponibles cada uno, y en la clase ejecutiva son dos vagones con 45 asientos cada uno, haciendo un total de 282 espacios para pasajeros, en estos dos tipos de servicios.
En promedio en cada una de las estaciones el tiempo de traslado es de una hora, con excepción de la estación de Medias Aguas a Coatzacoalcos, Veracruz, que tiene una duración de dos horas, y los pasajeros únicamente cuenta con 5 minutos para descender y ascender en el tren en cada uno de las estaciones, de acuerdo a los horarios establecidos.
Aunque los costos de los boletos son casi similares al de un autobús, algunas personas que han viajado en el tren aseguran que la experiencia es distinta, al conococer nuevos paisajes durante el trayecto.
El gobierno federal dio a conocer que se aplican descuentos de 25% en épocas vacacionales para estudiantes y maestros, en la clase turista y ejecutiva, 50% de descuento para personas con alguna discapacidad, y 50% a los adultos mayores.
Algunos usuarios aseguran que no se les ha hecho efectivo el descuento, incluso existen usuarios que no han podido adquirir los boletos , esto al desconocer estos mecanismos digitales.