La deforestación es una problemática mundial que también se hace presente en el estado de Oaxaca, donde según el director del área natural protegida de Sejuani y Piedra Cuachi, el biólogo Ricardo Romero, señala que por lo menos el 50% de zonas arboladas del estado ha sido deforestada, lo que ha causado afectaciones en el cambio climático.
Debido a la gran pérdida de zonas arboladas se disminuye en el ambiente la captura de los gases de efecto invernadero, lo que trae como consecuencia la disminución de la calidad de vida de la población en su dimensión social, ambiental y económica, aumentando su vulnerabilidad ante cualquier cambio en el ambiente.
Esta disminución masiva de áreas arboladas genera aumentos de temperaturas significativas, pues un árbol reduce de 8 a 10 grados centígrados debajo de sí mismo, así como favorecer a la generación de aire limpio, por lo que cabe destacar que quienes suelen realizar esta tala masiva de árboles son las grandes empresas, que quienes para instalarse realizan la deforestación de hectáreas, y producen gran cantidad de gases de efecto invernadero.
Actualmente, el biólogo Ricardo Romero señala que el área natural protegida de Sejuani y Piedra Cuachi son una pieza importante en el ecosistema de la región del Istmo, y que además ya se encuentran tomando otras medidas, así como la creación de más viveros, campañas de reforestación, y medidas de compensación para empresas; la cual establece que por cada hectárea deforestada deberán reforestar dos de estas.