La Universidad del Istmo, inició sus actividades académicas en junio del 2002, con la apertura de sus campus en Tehuantepec y Ixtepec en la región del Istmo, fue inaugurada por el Gobernador José Murat Casab, cuando uno se sus compromisos fue incrementar el número de universidades estatales de Oaxaca para elevar el nivel educativo.
Su primer rector fue el Dr. Modesto Seara Vázquez, catedrático reconocido a nivel internacional, actualmente es la Maestra María de los Ángeles Peralta Arías.
Con la elaboración del Plan Estatal de Desarrollo 2022-2028 en Oaxaca, se señala que todas las ofertas educativas deben ser propuestas innovadoras y estratégicas, a favor de la participación social y comunitaria y con los avances del CIIT o corredor interoceánico, es entonces un detonador del desarrollo educativo, ya que va unificado a oportunidades laborales.
Son cada vez más las universidades que se suman a la implementación de proyectos productivos y de investigación en estados como Oaxaca, Veracruz, Chiapas, Puebla y Tabasco, con carreras científico tecnológicas, programas de asesoría y capacitación para incrementar la productividad, elaboración de estudios de calidad de alimentos, de impacto ambiental y socioeconómico, la conservación de los recursos naturales de las comunidades de la región con catedráticos y profesores investigadores con alto nivel académico,
Actualmente la universidad del Istmo es una institución pública que apertura las carreras de Ingeniería química de petróleo, ingeniería en diseño gráfico, computación, industrial e ingeniería en energías renovables.