La Universidad del Istmo, inició sus actividades académicas en junio del 2002, con la apertura de sus campus en Tehuantepec e Ixtepec, fue inaugurada por el Gobernador José Murat Casab, donde uno de sus compromisos fue incrementar el número de universidades estatales de Oaxaca para elevar el nivel educativo.
Esta casa de estudio estuvo bajo el mando Modesto Seara Vásquez quien fue su primer rector, abrió sus puertas buscando siempre apegarse a los planes estatales de desarrollo y nuevos modelos educativos tomando en cuenta el contexto social, económico y político, así como la forma de su inserción en el desarrollo de la localidad, de la región del istmo y del país.
A lo largo de sus 17 años de vida la UNISTMO, sigue ofreciendo un servicio público que impacte favorablemente en la comunidad universitaria donde se encuentran laborando, logrando consolidarse como un promotor de los cambios demandados por la educación superior en la región, el estado y el país, impulsando la creación de carreras universitarias y planes de estudio acorde a las necesidades de la región.
Con la elaboración del Plan Estatal de Desarrollo 2022-2028 en Oaxaca, se señala que todas las ofertas educativas deben ser propuestas innovadoras y estratégicas, a favor de la participación social comunitaria y con los avances del CIIT o corredor interoceánico, es entonces un detonador del desarrollo educativo, ya que va unificado a oportunidades laborales.
Se busca que los egresados de estas universidades tengan la oportunidad de laborar en los polos de desarrollo para el bienestar, que forman parte del Proyecto del Corredor Interoceánico del istmo de Tehuantepec, para que los nuevos profesionistas oaxaqueños no tengan la necesidad de salir de la región en busca de empleo.