Desde el inicio de las obras del proyecto del Corredor Interoceánico del Istmo de Tehuantepec, activistas defensores de los Derechos Humanos, han denunciado una serie de irregularidades y presuntos despojos de los terrenos donde se llevan a cabo las obras.
Recientemente comuneros de Unión Hidalgo, Oaxaca, denunciaron la explotación de material pétreo en un cerro ubicado dentro de las tierras de uso común de esta población, y que se lleva de manera irregular e ilegal.
Este banco pétreo es conocido como El Barrancon y está situado en la cordillera Los Chacales, sobre el cerro conocido como "Loma Lope", ubicado en las tierras de uso común de Unión Hidalgo.
A esto se suman las acciones que durante varios meses hicieron habitantes de la Zona Oriente de la Región del Istmo, quienes actualmente se encuentran bajo proceso legal.
En el istmo se tienen ubicados los conflictos por el CIIT en la comunidad de Puente Madera, agencia de San Blas Atempa, Oaxaca, en el paraje conocido como El Pitayal, y en la población de Santa María Mixtequilla, Oaxaca; en ambas poblaciones existe la oposición de la construcción de los parques industriales, conocidos también como Polos de Desarrollos para el Bienestar.
A pesar de las denuncias ante las autoridades, no se ha tenido ningún avance al respecto. Incluso los opositores a estos proyectos cuentan con denuncias penales por impedir los trabajos.