La contaminación de cuerpos de agua en Tehuacán es un hecho que cada vez se ha recrudecido a raíz de la crisis sanitaria por el manejo y disposición de la basura, sumado al desinterés para el cuidado del medio ambiente. A tal punto que las pocas galerías filtrantes lucen con desechos sólidos urbanos tanto en sus entradas como en el interior interior.
Por si fuera poco, las antiguas estructuras subterráneas, que hace unos años coadyuvaron para que junto con sus manantiales Tehuacán fuera reconocido como "centro hidromineral y de aguas curativas", que con el paso de los años se secaron, ahora se han convertido en puntos de depósito de basura.
Es la junta auxiliar de San Marcos Necoxtla, el punto de contaminación considerado como foco rojo, y aun cuando son los canales de agua y galerías filtrantes que se encuentran en el ex patio de maniobras (que todavía no ha sido limpiado y remediado), los que están en un punto de contaminación directa; las construcciones subterráneas despejadas ubicadas atrás del fraccionamiento Mayorazgo, que conducen a Necoxtla ya presentan una evidente contaminación.
Decenas de bolsas de residuos sólidos urbanos, llantas de automóviles, electrodomésticos inservibles, animales muertos, desechos de curaciones médicas, es parte de lo que logran verse en las galerías ya secas y en el acceso de las que todavía abastecen de agua, misma que llega hasta el cuerpo de agua conocido como "La Taza" en San Gabriel Chilac.
Frente a todo ello, otro de los panoramas que preocupa es que tanto productores agrícolas como población en general, de las comunidades por las que atraviesan dichas galerías, utilizan el agua no solo para sus cultivos, sino también para consumo directo.