El instituto Nacional de Antropología e Historia intervino para aclarar la controversia generada por la rehabilitación de la iglesia de San Blas, aseverando que ellos mismos están supervisando la obra y que los trabajos hechos en este edificio histórico son los adecuados, pues corresponden a la apariencia que esta tenía cuando fue finalizada cerca de 1900. Descartando así que se trate de una construcción virreinal o colonial "En una revisión gráfica, se pudo acceder a imágenes de cómo ha lucido el templo a lo largo del tiempo, sobre todo a mediados del siglo XX (o incluso anteriores), y en todas ellas aparece la piedra cubierta por un aplanado o enlucido. En el caso particular del Templo de Fátima de San Blas, a simple vista se podía comprobar la existencia de vestigios de aplanado", explicó Jorge Alberto Escobedo, arquitecto del área de monumentos históricos.
El INAH realizó un estudio detallado de la obra encontrando que esta tenía varios problemas que ponían en riesgo la integridad de la misma, como por ejemplo humedad, pérdida de la madera que sostiene el techo, flora parásita y un agrietamiento entre la nave y una de las torres. Así mismo aseguraron que el aplanado original probablemente tenía murales que se perdieron con el deterioro, ya que en el interior fueron encontrados vestigios de pintura mural (en malas condiciones) y dos capas de piso, el primero a base de sillares de cantera y el segundo se trata de un empedrado. "La mampostería de la fachada del templo comenzaba a perder la junta de mortero, lo cual ocasionaba que el núcleo del muro se volviera más vulnerable y susceptible al deterioro. La ausencia de aplanado, y un avance progresivo de los deterioros, podrían afectar de manera irremediable al muro, comprometiendo su capacidad estructural y, en un caso extremo, representar riesgo de colapso", agregó.
Por su parte el arquitecto Yamil Pérez aseguró que todos los templos en México fueron enjarrados o aplanados, para proteger la piedra braza, con la que se construían, pues la misma no es para estar expuesta a los elementos de la naturaleza, por lo que esta intervención ayudará a su conservación.