Un total de 155 municipios son lo que realizan descargas de aguas negras en la cuenca Lerma-Chapala-Santiago-Pacífico misma que pasa por Nayarit, por lo que se busca aplicar sanciones ejemplares a las industrias así como a los ayuntamientos que han convertido al río Santiago en un drenaje a cielo abierto, así lo dió a conocer la Conferencia Nacional de Militares y Profesionistas "Gral. Marcelino García Barragán" A.C.
Esta misma asociación civil acusó a las autoridades municipales, estatales así como federales de no ponerle un alto a la contaminación que se genera en esta cuenca, que es la más grande de todo el país.