La actividad agrícola en Nayarit atraviesa una situación complicada que afecta tanto la producción como la capacidad de exportación, principalmente por la falta de presupuesto y apoyos para el manejo de plagas.
Uno de los principales obstáculos para exportar a mercados como el de Estados Unidos es el cumplimiento de requisitos fitosanitarios establecidos por el Departamento de Agricultura de Estados Unidos (USDA); actualmente, muchas exportaciones se realizan a través de intermediarios o desde otros estados que sí cuentan con la autorización correspondiente, en Nayarit, la certificación no ha sido posible debido a la presencia de plagas que no han sido erradicadas.
Entre las plagas más comunes se encuentra el gusano barrenador de rama en cultivos frutales, así como la "gallina ciega" en la caña y la "palomilla" en hortalizas como el chile y el jitomate; aunque algunas variedades están libres de ciertas plagas, como el gusano barrenador de hueso, lo que permite su comercialización dentro del territorio mexicano, pero estas condiciones no son suficientes para acceder al mercado estadounidense.
El control de plagas requiere una inversión constante y preventiva, que actualmente no se está aplicando de forma generalizada debido a la falta de recursos económicos; en la práctica, los productores deben asumir los costos, lo que limita su capacidad para implementar medidas eficaces a tiempo.
En años anteriores existieron programas que combinan recursos estatales y federales para apoyar al sector agrícola con infraestructura, sanidad vegetal y otras necesidades, la desaparición de estos esquemas ha reducido la capacidad de respuesta ante problemas sanitarios en el campo.
Ante este panorama, la mayor parte de los productos agrícolas de Nayarit son vendidos como materia prima a empresas de otros estados, que los procesan y exportan, captando así la mayor parte del valor económico.