Así como se busca proteger los derechos de las mujeres que desean abortar, también existe un derecho al que pueden apelar los médicos en caso de que sus creencias o valores se vean vulnerados al pedirles practicar un aborto; este derecho se llama "objeción de conciencia", con el que un médico puede negarse a practicar un aborto, por atentar contra creencias religiosas o valores morales.
Sin embargo, las unidades médicas también deben garantizar que al menos exista un médico no objetor de conciencia que pueda practicar el procedimiento, para lo cual el sector salud ha sensibilizado a 227 servidores para atender estos casos.