Aunque sí habrá apoyo financiero del gobierno federal para 6 universidades en crisis que no han podido pagar los sueldos y prestaciones de fin de año, la Universidad Autónoma de Nayarit no se encuentra en la lista de beneficiadas junto a las de Oaxaca, Chihuahua y Durango, pues no han cumplido con el convenio firmado en el 2018 entre la SEP, el estado y la rectoría de las mismas. El Gobierno estatal no aportó el 50% del recurso requerido, ni atendieron las acciones de saneamiento financiero exigidas por la dependencia federal, de acuerdo a datos recogidos por El Universal, luego de que el mismo Luciano Concheiro, Subsecretario de Educación Superior, diera a conocer la negociación exitosa entre la SEP y la Secretaria de Hacienda y Crédito Público, para la dispersión de los recursos a las universidades que si demostraron seguir la ruta planteada para su saneamiento permanente.
La Secretaría de Educación Pública emitió a su vez un comunicado en el que explicó que "no se trata de un rescate, sino de un apoyo para su reestructuración financiera de manera permanente". Las universidades que obtendrán los recursos son las autónomas de Coahuila, Morelos, Sinaloa, Michoacán, Chiapas y Zacatecas, por haber cumplido con las solicitudes de saneamiento.
Cabe señalar que en 2018, 9 universidades se declararon en crisis, y gobierno federal aportó el 100% de los recursos para cumplir con los compromisos de fin de año, en 2019 aportó el 50% y el estado el otro 50%, este 2020 la SEP había señalado que no darían apoyo a las universidades que no cumplieran con lo establecido en el convenio firmado en 2018.