Otro sector de la población que obtuvo resultados bajos en la evaluación PLANEA fueron escuelas de comunidades indígenas, o que atienden a población indígena. Sus bajos resultados tienen que ver con varios factores entres los que se encuentran las limitaciones educativas de sus familias y la falta de acceso a herramientas educativas y de información, lo que hace que los niños no cuenten con una guía o apoyo a la hora de realizar las actividades en casa.
Además, los niños y niñas indigenas tienen que aprender en una lengua que no es la suya, que no es la materna. Al tener la mayoría de clases en español, tienden a comprender menos los conceptos más básicos y abstractos.
El INEE considera que se debe prestar más atención para crear programas bilingües que facilitar el aprendizaje de los niños; que conjugue la cosmovisión de sus etnias con los aprendizajes escolares.