En peligro la cuenca del río Lerma debido a la variación del ciclo hidrológico de las presas y lagunas, a la contaminación y sobre explotación de mantos acuíferos.
Se calcula que al final de la temporada de lluvias, falten 135 millones de metros cúbicos de agua en el sistema Cutzamala, para abastecer al valle de México y Toluca.