A partir de las 7:00 de la noche, en las casillas de Santo Domingo Tehuantepec y sin presencia de algún cuerpo de seguridad, dio inicio el conteo de las boletas que fueron depositadas en las urnas.
En presencia de representantes de los diferentes partidos políticos, el conteo comenzó con las boletas de Presidente a la República, dejando al final las boletas correspondientes a la Presidencia Municipal de Tehuantepec.
Cabe mencionar que la ausencia de los funcionarios de casillas, es decir, personas previamente capacitadas por el INE para llevar acabo paso por paso la jornada electoral no se presentaron, por lo cual se tuvo que improvisar con personal elegido al azar, hecho que ha propiciado la ineficiencia de los procesos de organización y conteo de boletas.