La Fiscalía de Combate a la Corrupción investiga a la CNTE por el delito del ejercicio ilegal del servicio público, en contra del líder de la CNTE, Pedro Gómez Bámaca, luego que la Auditoría Superior del estado detectara que 278 cheques de la denominada Nómina de Costeo fueran cobrados mediante la falsificación de firmas.
Los cheques estarían destinados para profesores homologados y jubilados; y arrojan un monto por 3 millones 742 mil 939 pesos y 76 centavos.
La Nómina por Costeo fue utilizada por la CNTE y el dirigente de la Sección 7 del SNTE, tras haber firmado una minuta de acuerdo con el gobierno de Manuel Velasco Coello, sin embargo, profesores que no cobraron esos documentos presentaron su queja ante la Contraloría Interna la cual investiga.
En los años 2017 y 2018, el líder de la CNTE y de la Sección 7 del SNTE Pedro Gómez Bámaca, tuvo el control de la nómina por costeo. Firmas han sido cotejadas mediante la credencial del Instituto Nacional Electoral de cada docente que hoy reclama el pago correspondiente; incluso hay otro paquete de cheques que no fueron entregados a los maestros sólo por ser considerados "charros".
Desde el año 2015 al 2017, manejó la nómina del sindicato; se hizo cargo de la entrega de 34 mil 349 cheques a personal de jubilación con un importe de 44 millones 901 mil 960 pesos 40 centavos. Y del 2017 al 2018, la nómina del personal homologados; tuvo a su manejo de 7 mil 257 cheques por un monto de 37 millones 484 mil .52 centavos.
La investigación sobre la falsificación de las firmas continúa por parte de las instancias correspondientes con el fin de deslindar responsabilidades, ya que paralelo a las denuncias de los docentes, hay quienes no pudieron cobrar sus cheques y no han recibido a la fecha el monto de liquidación que de acuerdo con el contrato colectivo de trabajo tienen derecho.