Dos de los cinco arroyos que atraviesan el ZooMAT se han secado, esto debido al crecimiento de la mancha urbana y la tala de árboles en la Reserva del Zapotal.
Años atrás, se había establecido un área llamada "área de amortiguamiento ecológico", la cual aseguraba que en 100 metros alrededor del zoológico no podría existir ningún tipo de construcción. Hoy en día, al menos una docena de viviendas limitan con las paredes del ZooMAT.