Desde el año 2010, el Zoológico Miguel Álvarez del Toro no logra la reproducción del Quetzal, especie que está considerada en peligro de extinción por la NOM-059-Semarnat-2010 donde se establece que debe ser protegida.
Actualmente el zoológico cuenta con cinco ejemplares (dos machos y tres hembras), sin embargo, las condiciones de este especio han impedido la reproducción de la misma, pese a ser una de los objetivos centrales que tiene el ZooMAT, quien además de resguardar a diversas especies, se han caracterizado por lograr la preservación de la fauna.
En contraparte, el ZooMAT registra sobre población de especies como la guacamaya roja y venados.