La Secretaría de Educación en coordinación con el Departamento de Becas y Convocatorias perteneciente a la Coordinación de Programas Especiales y Compensatorios, continua con el proceso de otorgamiento de becas de exención de pago para escuelas particulares de educación básica. La obtención de una beca se da con un promedio mínimo de nueve. Durante el ciclo escolar 2019-2020 se otorgaron cuatro mil 401 becas, distribuidas en los niveles de preescolar, primaria y secundaria, cuyo proceso de solicitud se dio de manera presencial. Durante el año 2020, debido al covid-19 y con el fin de salvaguardar la salud de los padres y madres de familia y del personal operativo, el Departamento de Becas y Convocatorias, en coordinación con la Dirección de Informática de esta secretaría, creó un sistema digital mediante el cual se pudo continuar brindando el servicio y otorgar durante este ciclo escolar 2020-2021, un total de cuatro mil 75 becas. La Secretaría de Educación público la convocatoria "Beca de Exención de Pago 2021", a través de la página web www.educacionchiapas.gob.mx., en el apartado de "Convocatorias". Se otorgará de acuerdo con un porcentaje del total de alumnos inscritos en cada nivel educativo de la institución.