De acuerdo al Sistema Nacional de Alerta (SNA) de Violaciones a los Derechos Humanos, de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH), con 583, el Instituto Nacional de Migración (INM), acumulando el 46.4 %, fue la autoridad con el mayor número de quejas en Chiapas.
La entidad ocupa el segundo lugar nacional en el acumulado de quejas al cierre de 2022, con mil 255; por debajo de la Ciudad de México (tres mil 774) y arriba del Estado de México (que acumula mil 109).
Los hechos violatorios que tienen mayor acumulados, por parte del INM son: acciones y omisiones que transgreden los derechos de los migrantes y de sus familiares; la falta de la legalidad, honradez, lealtad, imparcialidad y eficacia en el desempeño de sus funciones; así como prestar indebidamente el servicio público. Del total de quejas, actualmente se encuentran en trámite 220.