Diversos conflictos se han presentado, sobre todo en municipios indígenas, por implicaciones no solamente con respecto a la disidencia religiosa, sino también por desafiar las estructuras de control político y económico tradicionales.
Por lo que ha instado a humanizar la religión, a respetar la libertad, además de la diversidad pluricultural y pluriétnica, las iglesias deben sujetarse a la legalidad, además de garantizar el libre ejercicio de la religión y las elecciones sobre esta.