A pesar de los esfuerzos de las autoridades de Protección Civil y de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas el río Grijalva luce con una gran cantidad de desechos en su mayoría orgánicos.
La campaña de limpieza que se implementa por parte de las autoridades es permanente y afirman que el 95 por ciento es material orgánico, como troncos, ramas y madera, el 5 por ciento restante es Pet.