El proyecto Tren Maya generará afectaciones a los ecosistemas en la ruptura en las líneas de tránsito de animales; la biota de insectos artrópodos y principalmente anfibios y reptiles, serían los más afectados.
El presidente de la Red de Asesores Científicos de la Red Selva Zoque, Benigno Gómez, investigador de El Colegio de la Frontera Sur (Ecosur), explica que el proyecto además de la validación social requiere un estudio de impacto ambiental ajeno a las instituciones.
" las que están respondiendo mayor estos impactos principalmente son los antroposofía, algunos insectos pero principalmente anfibios y reptiles, estos anfibios que están condicionados a vivir por las condiciones ambientales de humedad principalmente ranas salamandras".