El proyecto Tren Maya generará afectaciones a los ecosistemas locales al presentarse una una ruptura en líneas de tránsito de animales; y de acuerdo a expertos los más afectados no serían las especies prioritarias, sino la biota de insectos artrópodos principalmente anfibios y reptiles.
De acuerdo al presidente de la Red de Asesores Científicos de la Red Selva Zoque, Benigno Gómez, e investigador de El Colegio de la Frontera Sur (Ecosur), dijo que el proyecto además requiere un estudio de impacto ambiental ajeno a las instituciones.
Adelantó que la Secretaría de Medio Ambiente y Recurso Naturales (Semarnat) en su momento deberá realizar estudios de impacto ambiental del proyecto.