Jesús Murillo Karam, fue vinculado a proceso por tres delitos cometidos durante la investigación del caso Ayotzinapa, y se le dictó prisión preventiva justificada, por lo que permanecerá detenido en el Reclusorio Norte de la Ciudad de México, tres meses, en lo que se realiza las investigaciones complementarias.
Los delitos de los que se le acusan son: contra la administración de justicia, tortura y desaparición forzada.
La Fiscalía General de la República lo acusa de fraguar la llamada "verdad histórica" en un cónclave de altos mandos de la Policía Federal y de la propia PGR, entre los que destaca el actual secretario de Seguridad Ciudadana de la Ciudad de México, Omar García Harfuch, según afirmó la fiscal encargada del caso Lidia Bustamante.
Bernardo Cano Muñozcano, exsecretario particular de Tomás Zerón de Lucio, y quien habría grabado los videos en los que se torturó a los detenidos del caso Ayotzinapa, se acogió a un criterio de oportunidad y reveló los detalles del encuentro que sostuvo Murillo Karam con "altos mandos" de la Policía Federal y de la propia Fiscalía.
El encuentro habría ocurrido en Iguala, Guerrero, el 7 de octubre de 2014, bajo la dirección del titular de la PGR, Jesús Murillo Karam, y con la participación del excoordinador antisecuestro de la PGR, Gualberto Ramírez Gutiérrez, actualmente prófugo; del exdelegado de la Policía Federal en Guerrero, Omar García Harfuch; del exdirector de la Agencia de Investigación Criminal, Tomás Zerón de Lucio; del exdirector de la Policía Federal Ministerial, Carlos Gómez Arrieta; y del exdelegado de la PGR en el estado de Guerrero, José Luis Martínez Pérez.
Durante su audiencia de más de 12 horas, el exfuncionario defendió la "verdad histórica" frente al juez: "Podemos aceptar algunos errores, pudo haber fallas, problemas y aceptar cosas que se hicieron mal, pero no han podido tirar la verdad histórica", expresó.