Actualmente, Zamora cuenta con dos plantas de tratamiento, una al poniente de la ciudad y la otra en la tenencia de Atacheo, ambas permiten sanear el 60 por ciento de las aguas residuales. Con el objetivo de tratar el cien por ciento de estos residuos, avanza la construcción de una tercera planta al norte del municipio, con una capacidad de 170 litros por segundo, que a su vez permitirá que los agricultores dejen de utilizar los pozos profundos para el riego de sus cultivos, frenando la sobreexplotación de los mantos freáticos.