La agricultura protegida es un método que se utiliza para modificar los factores ambientales y tener mejor producción, sin embargo las normas sanitarias para los exportadores, provoca que se busquen alternativas para regar con agua limpia y hay sobreexplotación de los mantos acuíferos. Desde los años 80´s inició la implementación de macrotúneles, esto ayuda a la producción de frutillas, aunque después provoca la contaminación del suelo y los ríos por la utilización de plásticos.
Zamora, Jacona, Tangancícuaro, Ixtlán, Periban y Los Reyes, son los municipios que cuentan con mayor utilización de macrotúneles, el sistema de riego por goteo ha contribuido a minimizar la sobreexplotación de los mantos freáticos.
Los productores han solicitado a los diferentes órdenes de gobierno que se inviertan recursos para el saneamiento del río Duero.
Otro de los problemas que enfrentan los productores agrícolas es la falta de apoyos gubernamentales, la aparición de plagas y enfermedades en los cultivos, lo que afecta la economía agrícola.