Ambientalistas han detectado que el 95% de los cuerpos de agua superficial reciben descargas residuales sin tratamiento, ya sea de tipo municipal o industrial, lo que propicia que los afluentes presenten alto grado de contaminación. En algunos ríos han encontrado más de 200 mil partículas de coliformes, cuando la norma oficial mexicana marca que no debe haber más de 500. Además mucho de ese líquido es utilizado para el riego de cultivos de frutas y hortalizas.