En la región Ciénega se presenta una problemática referente al tratamiento de aguas negras de los diversos municipios que conforman la región, pues en el distrito de riego 024 "Ciénega de Chapala", son más las redes de drenaje que manejan que las de distribución de agua, y en algunos tramos los canales de drenaje son los mismos que distribuyen el agua, uno de estos casos es el del canal de Sahuayo- Jiquilpan, donde se ha vuelto una gran fosa séptica pues solo se están recirculando las aguas negras y no se le da el tratamiento debido.
"Jiquilpan vierte sus aguas negras a este canal, este canal llega a Sahuayo, normalmente como es un canal de agua no de drenaje, se estaría conectando al río Sahuayo, entonces lo que ha hecho el río Sahuayo es frenar la descarga de esas aguas negras a su río de manera que, ¿qué es lo que pasa con nuestras aguas negras?, cuando hay agua pues, el agua negra solo se recircula no se trata." Comento Ana Elisa Martínez profesor/investigador de la UCEMICH
Quienes resultan directamente más afectados son los habitantes de las colonias que se encuentran al borde de este canal, por las consecuencias que ha tenido en la salud de estos, sin embargo es importante resaltar que los problemas que confieren al agua nos afectan a todos pues los contaminantes de esas aguas llegan a los cultivos de la región, debido a esto, es un problema de salud pública que atañe a todos los niveles gubernamentales.
"Los ayuntamientos tienen que cumplir con las leyes generales, federales estatales hacer el tratamiento de agua correspondiente, esto nos dice que todos los vertidos municipales deben de ser tratados y separados pues todos los elementos coliformes, necesitamos una respuesta tecnológica."